华南理工大学学报(自然科学版)

作者：刘雪梅 李文 黄管大 黄天来 叶宇中 徐国皓

单位：华南理工大学 物理与光电学院，广东 广州 510640

关键词：相异度算法 d2S,邻接法(NJ),k-mer,16S rRNA,噬菌体

基金：国家自然科学基金资助项目(11205061);广东省科技计划项目(2016A010101020)

在系统发育学中，构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础． 本文探讨并验 证了基于 k-mer 的相异度算法 d2S 结合邻接法 NJ 构建系统进化树的可行性，对两种进化 情景下的 12 个 16S rRNA 和 36 个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中 k = 4，6，8， 10)，3 类 16S rRNA 很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来，效果和 Woese 目录基 本一致;同时可把 4 种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开，而且受参数 k 影响小，分 类效果非常好． 这展现了相异度算法 d2S 结合邻接法 NJ 强大的功能． 使用相异度算法 d2S 结合邻接法 NJ 构建系统进化树，将为系统进化关系提供新的算法和思路．

来源：2019年第6期

《华南理工大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

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